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Die Hauptabteilung IX des Ministeriums für Staatssicherheit war nicht nur neben der HA XX eine der wichtigsten, sondern auch eine besondere im Gefüge des MfS. Das erklärt sich daraus, dass sie keine operative Diensteinheit, sondern ein Ermittlungsorgan war und vorwiegend in politischen Strafsachen die Ermittlungen führte.
Die Stellung dieses Untersuchungsorgans war nicht nur innerhalb des MfS außerordentlich stark, sondern auch gegenüber der Deutschen Volkspolizei, der Staatsanwaltschaft und den Gerichten. Soweit erforderlich konnte die HA IX alle Verfahren an sich ziehen und bearbeiten und war dabei keineswegs auf politische Strafsachen beschränkt, konnte also auch Straftaten der allgemeinen Kriminalität bearbeiten. Was "erforderlich" war, bestimmte das Untersuchungsorgan selbst.
Einfluss genommen wurde durch die sogenannten Prozessvorschläge der HA IX, die in der Strafprozessordnung nicht enthalten waren. Sie waren nicht als Weisung zu verstehen, in der Praxis lief es aber auf dasselbe hinaus. In wichtigen Verfahren waren diese vom Politbüro zu bestätigen